Transcriptome-wide analysis of the difference of alternative splicing in susceptible and resistant silkworm strains after BmNPV infection

Abstract:
Novel alternative splicing events were identified from BmNPV-susceptible and -resistant silkworm strains after BmNPV infection using high-throughput RNA-sequencing strategy. In total, 12.82\xa0Gb clean RNA-seq data were generated for the two midgut samples from BmNPV-susceptible and -resistant silkworm strains, and 14.78\xa0Gb clean data for the two fat body samples. The number of alternative splicing events and isoforms in the BmNPV-susceptible silkworm strain was more than that in the BmNPV-resistant silkworm strain. Furthermore, alternative splicing genes uniquely present in BmNPV-resistant silkworm strain were involved in functions about ribosome, whereas, alternative splicing genes uniquely present in BmNPV-susceptible silkworm strain were implicated in functions like DNA helicase activity and signal transduction. Additionally, 33 expressed SR or SR-like proteins were identified, and three genes encoding SR or SR-like proteins (tetratricopeptide repeat protein 14 homolog, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 32 and zinc finger CCCH domain-containing protein 18) have a higher number of different alternative splicing events between two silkworm strains. The present study suggested BmNPV treatment may have a smaller effect on the mRNA transcription in BmNPV-resistant silkworms than that in BmNPV-susceptible silkworms, and functions of alternative splicing genes are different between the two silkworm strains.
Author Listing: Gang Li;Kaiyue Zhou;Guodong Zhao;Heying Qian;Anying Xu
Volume: 9
Pages: 1-8
DOI: 10.1007/s13205-019-1669-9
Language: English
Journal: 3 Biotech

3 Biotech

3 BIOTECH

影响因子:2.6 是否综述期刊:否 是否OA:是 是否预警:不在预警名单内 发行时间:2011 ISSN:2190-572X 发刊频率:- 收录数据库:SCIE/Scopus收录 出版国家/地区:GERMANY 出版社:Springer International Publishing

期刊介绍

3 Biotech publishes the results of the latest research related to the study and application of biotechnology to:- Medicine and Biomedical Sciences- Agriculture- The EnvironmentThe focus on these three technology sectors recognizes that complete Biotechnology applications often require a combination of techniques. 3 Biotech not only presents the latest developments in biotechnology but also addresses the problems and benefits of integrating a variety of techniques for a particular application. 3 Biotech will appeal to scientists and engineers in both academia and industry focused on the safe and efficient application of Biotechnology to Medicine, Agriculture and the Environment.

3生物技术出版与生物技术的研究和应用有关的最新研究成果,涉及:-医学和生物医学科学-农业-环境这三个技术领域的重点认识到,完整的生物技术应用往往需要多种技术的结合。3.生物技术不仅介绍生物技术的最新发展,而且讨论为某一特定应用综合各种技术的问题和好处。3生物技术将吸引学术界和工业界的科学家和工程师,他们专注于安全有效地将生物技术应用于医学、农业和环境。

年发文量 415
国人发稿量 54
国人发文占比 13.01%
自引率 0.0%
平均录取率 -
平均审稿周期 -
版面费 US$3390
偏重研究方向 Agricultural and Biological Sciences-Agricultural and Biological Sciences (miscellaneous)
期刊官网 https://www.springer.com/journal/13205?utm_source=letpub&utm_medium=display&utm_content=mpu&utm_campaign=SRCN_3_VW01_cn_letpuborganic_chem_13205
投稿链接 https://www.editorialmanager.com/BITC

质量指标占比

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关于2019年中科院分区升级版(试行)

分区表升级版(试行)旨在解决期刊学科体系划分与学科发展以及融合趋势的不相容问题。由于学科交叉在当代科研活动的趋势愈发显著,学科体系构建容易引发争议。为了打破学科体系给期刊评价带来的桎梏,“升级版方案”首先构建了论文层级的主题体系,然后分别计算每篇论文在所属主题的影响力,最后汇总各期刊每篇论文分值,得到“期刊超越指数”,作为分区依据。

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《2019年中国科学院文献情报中心期刊分区表升级版(试行)》首次将社会科学引文数据库(SSCI)期刊纳入到分区评估中。升级版分区表(试行)设置了包括自然科学和社会科学在内的18个大类学科。基础版和升级版(试行)将过渡共存三年时间,推测在此期间各大高校和科研院所仍可能会以基础版为考核参考标准。 提示:中科院分区官方微信公众号“fenqubiao”仅提供基础版数据查询,暂无升级版数据,请注意区分。

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