Comparative profiling of skeletal muscle models reveals heterogeneity of transcriptome and metabolism

Abstract:
Rat L6, mouse C2C12, and primary human skeletal muscle cells (HSMCs) are commonly used to study biological processes in skeletal muscle, and experimental data on these models are abundant. However, consistently matched experimental data are scarce, and comparisons between the different cell types and adult tissue are problematic. We hypothesized that metabolic differences between these cellular models may be reflected at the mRNA level. Publicly available data sets were used to profile mRNA levels in myotubes and skeletal muscle tissues. L6, C2C12, and HSMC myotubes were assessed for proliferation, glucose uptake, glycogen synthesis, mitochondrial activity, and substrate oxidation, as well as the response to in vitro contraction. Transcriptomic profiling revealed that mRNA of genes coding for actin and myosin was enriched in C2C12, whereas L6 myotubes had the highest levels of genes encoding glucose transporters and the five complexes of the mitochondrial electron transport chain. Consistently, insulin-stimulated glucose uptake and oxidative capacity were greatest in L6 myotubes. Insulin-induced glycogen synthesis was highest in HSMCs, but C2C12 myotubes had higher baseline glucose oxidation. All models responded to electrical pulse stimulation-induced glucose uptake and gene expression but in a slightly different manner. Our analysis reveals a great degree of heterogeneity in the transcriptomic and metabolic profiles of L6, C2C12, or primary human myotubes. Based on these distinct signatures, we provide recommendations for the appropriate use of these models depending on scientific hypotheses and biological relevance.
Author Listing: Ahmed M Abdelmoez;Laura Sardón Puig;Jonathon Ab Smith;Brendan M Gabriel;Mladen Savikj;Lucile Dollet;Alexander V Chibalin;Anna Krook;Juleen R Zierath;Nicolas J Pillon
Volume: 318
Pages: C615 - C626
DOI: 10.1152/ajpcell.00540.2019
Language: English
Journal: American Journal of Physiology - Cell Physiology

AMERICAN JOURNAL OF PHYSIOLOGY-CELL PHYSIOLOGY

AM J PHYSIOL-CELL PH

影响因子:5.0 是否综述期刊:否 是否OA:否 是否预警:不在预警名单内 发行时间:1977 ISSN:0363-6143 发刊频率:Monthly 收录数据库:SCIE/Scopus收录 出版国家/地区:UNITED STATES 出版社:American Physiological Society

期刊介绍

The American Journal of Physiology-Cell Physiology is dedicated to innovative approaches to the study of cell and molecular physiology. Contributions that use cellular and molecular approaches to shed light on mechanisms of physiological control at higher levels of organization also appear regularly. Manuscripts dealing with the structure and function of cell membranes, contractile systems, cellular organelles, and membrane channels, transporters, and pumps are encouraged. Studies dealing with integrated regulation of cellular function, including mechanisms of signal transduction, development, gene expression, cell-to-cell interactions, and the cell physiology of pathophysiological states, are also eagerly sought. Interdisciplinary studies that apply the approaches of biochemistry, biophysics, molecular biology, morphology, and immunology to the determination of new principles in cell physiology are especially welcome.

《美国生理学-细胞生理学杂志》致力于细胞和分子生理学研究的创新方法。使用细胞和分子方法阐明更高层次组织的生理控制机制的贡献也经常出现。鼓励撰写涉及细胞膜、收缩系统、细胞器、膜通道、转运蛋白和泵的结构和功能的手稿。涉及细胞功能的综合调节的研究,包括信号转导、发育、基因表达、细胞间相互作用和病理生理状态的细胞生理学的机制,也是迫切需要的。应用生物化学、生物物理学、分子生物学、形态学和免疫学的方法来确定细胞生理学的新原理的跨学科研究尤其受欢迎。

年发文量 227
国人发稿量 40
国人发文占比 17.62%
自引率 4.0%
平均录取率 约80%
平均审稿周期 平均1月
版面费 -
偏重研究方向 生物-生理学
期刊官网 http://ajpcell.physiology.org/
投稿链接 http://ajpcell.msubmit.net/cgi-bin/main.plex

质量指标占比

研究类文章占比 OA被引用占比 撤稿占比 出版后修正文章占比
57.08% 7.15% 1.49% 1.49%

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期刊预警不是论文评价,更不是否定预警期刊发表的每项成果。《国际期刊预警名单(试行)》旨在提醒科研人员审慎选择成果发表平台、提示出版机构强化期刊质量管理。

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WOS期刊SCI分区
WOS期刊SCI分区是指SCI官方(Web of Science)为每个学科内的期刊按照IF数值排 序,将期刊按照四等分的方法划分的Q1-Q4等级,Q1代表质量最高,即常说的1区期刊。
(2021-2022年最新版)
PHYSIOLOGY Q1
CELL BIOLOGY Q1

关于2019年中科院分区升级版(试行)

分区表升级版(试行)旨在解决期刊学科体系划分与学科发展以及融合趋势的不相容问题。由于学科交叉在当代科研活动的趋势愈发显著,学科体系构建容易引发争议。为了打破学科体系给期刊评价带来的桎梏,“升级版方案”首先构建了论文层级的主题体系,然后分别计算每篇论文在所属主题的影响力,最后汇总各期刊每篇论文分值,得到“期刊超越指数”,作为分区依据。

分区表升级版(试行)的优势:一是论文层级的主题体系既能体现学科交叉特点,又可以精准揭示期刊载文的多学科性;二是采用“期刊超越指数”替代影响因子指标,解决了影响因子数学性质缺陷对评价结果的干扰。整体而言,分区表升级版(试行)突破了期刊评价中学科体系构建、评价指标选择等瓶颈问题,能够更为全面地揭示学术期刊的影响力,为科研评价“去四唯”提供解决思路。相关研究成果经过国际同行的认可,已经发表在科学计量学领域国际重要期刊。

《2019年中国科学院文献情报中心期刊分区表升级版(试行)》首次将社会科学引文数据库(SSCI)期刊纳入到分区评估中。升级版分区表(试行)设置了包括自然科学和社会科学在内的18个大类学科。基础版和升级版(试行)将过渡共存三年时间,推测在此期间各大高校和科研院所仍可能会以基础版为考核参考标准。 提示:中科院分区官方微信公众号“fenqubiao”仅提供基础版数据查询,暂无升级版数据,请注意区分。

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