Chromatin State-Based Analysis of Epigenetic H3K4me3 Marks of Arabidopsis in Response to Dark Stress

Abstract:
Light is essential to plant growth and development. Extended darkness causes dramatic gene expression changes, leading to leaf senescence, hypocotyl growth, petiole elongation, reduced leaf area, and early flowering, etc. However, the underlying mechanism of response to darkness at epigenetic levels remains largely unknown. In this study, we conducted ChIP-seq to generate global epigenomic profiles of H3K4me3 under 3-day extended darkness and normal light conditions in Arabidopsis. We applied chromatin state analysis together with self-organization mapping (SOM) to study the combination of epigenetic regulation under dark stress. The SOM map clusters the segments on the genome according to multiple diverse epigenomic datasets, which breaks the limit of dispersed distribution of epigenetic marks on the genome. Through SOM analysis, we also found that the signals of H3K4me3 were mainly increased after darkness. Analysis of H3K4me3-changed genes together with differentially expressed genes indicated that the genes showing dark-increased H3K4me3 were most involved in senescence and autophagy, and cross-talk existed between dark-induced and natural senescence. In summary, we studied the regulation of the epigenetic H3K4me3 marks of Arabidopsis in response to dark stress using chromatin state and SOM analyses. Our study revealed the regulatory mechanisms of the epigenome in response to dark stress, and SOM analysis based on chromatin states used in our study will also be helpful for other studies on dynamic changes of multiple epigenetic marks.
Author Listing: Hengyu Yan;Yue Liu;Kang Zhang;James Song;Wenying Xu;Zhen Su
Volume: 10
Pages: None
DOI: 10.3389/fgene.2019.00306
Language: English
Journal: Frontiers in Genetics

Frontiers in Genetics

FRONT GENET

影响因子:2.8 是否综述期刊:否 是否OA:是 是否预警:不在预警名单内 发行时间:- ISSN:1664-8021 发刊频率:- 收录数据库:SCIE/Scopus收录/DOAJ开放期刊 出版国家/地区:UNITED STATES 出版社:Frontiers Media S.A.

期刊介绍

Frontiers in Genetics publishes rigorously peer-reviewed research on genes and genomes relating to all the domains of life, from humans to plants to livestock and other model organisms. Led by an outstanding Editorial Board of the world’s leading experts, this multidisciplinary, open-access journal is at the forefront of communicating cutting-edge research to researchers, academics, clinicians, policy makers and the public.The study of inheritance and the impact of the genome on various biological processes is well documented. However, the majority of discoveries are still to come. A new era is seeing major developments in the function and variability of the genome, the use of genetic and genomic tools and the analysis of the genetic basis of various biological phenomena.

《遗传学前沿》出版了严格的同行评审研究,涉及从人类到植物到牲畜和其他模式生物的所有生命领域的基因和基因组。由世界顶尖专家组成的杰出编辑委员会领导,这本多学科、开放获取的期刊走在前沿,向研究人员、学者、临床医生、政策制定者和公众传播尖端研究。遗传研究和基因组对各种生物过程的影响都有详细的文献记录。然而,大部分的发现还在后面。一个新的时代正在看到基因组的功能和可变性、遗传和基因组工具的使用以及对各种生物现象的遗传基础的分析方面的重大发展。

年发文量 1657
国人发稿量 958
国人发文占比 57.82%
自引率 3.6%
平均录取率 -
平均审稿周期 14 Weeks
版面费 -
偏重研究方向 Biochemistry, Genetics and Molecular Biology-Molecular Medicine
期刊官网 https://www.frontiersin.org/journals/genetics
投稿链接 https://www.frontiersin.org/submission/SubmissionHome.aspx?domainId=1&fieldId=30&specialtyId=0&entityType=1&entityId=240

质量指标占比

研究类文章占比 OA被引用占比 撤稿占比 出版后修正文章占比
86.45% 99.58% - -

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期刊预警不是论文评价,更不是否定预警期刊发表的每项成果。《国际期刊预警名单(试行)》旨在提醒科研人员审慎选择成果发表平台、提示出版机构强化期刊质量管理。

预警期刊的识别采用定性与定量相结合的方法。通过专家咨询确立分析维度及评价指标,而后基于指标客观数据产生具体名单。

具体而言,就是通过综合评判期刊载文量、作者国际化程度、拒稿率、论文处理费(APC)、期刊超越指数、自引率、撤稿信息等,找出那些具备风险特征、具有潜在质量问题的学术期刊。最后,依据各刊数据差异,将预警级别分为高、中、低三档,风险指数依次减弱。

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时间 预警情况
2024年02月发布的2024版 不在预警名单中
2023年01月发布的2023版 不在预警名单中
2021年12月发布的2021版 不在预警名单中
2020年12月发布的2020版 不在预警名单中

JCR分区 WOS分区等级:Q2区

版本 按学科 分区
WOS期刊SCI分区
WOS期刊SCI分区是指SCI官方(Web of Science)为每个学科内的期刊按照IF数值排 序,将期刊按照四等分的方法划分的Q1-Q4等级,Q1代表质量最高,即常说的1区期刊。
(2021-2022年最新版)
GENETICS & HEREDITY Q2

关于2019年中科院分区升级版(试行)

分区表升级版(试行)旨在解决期刊学科体系划分与学科发展以及融合趋势的不相容问题。由于学科交叉在当代科研活动的趋势愈发显著,学科体系构建容易引发争议。为了打破学科体系给期刊评价带来的桎梏,“升级版方案”首先构建了论文层级的主题体系,然后分别计算每篇论文在所属主题的影响力,最后汇总各期刊每篇论文分值,得到“期刊超越指数”,作为分区依据。

分区表升级版(试行)的优势:一是论文层级的主题体系既能体现学科交叉特点,又可以精准揭示期刊载文的多学科性;二是采用“期刊超越指数”替代影响因子指标,解决了影响因子数学性质缺陷对评价结果的干扰。整体而言,分区表升级版(试行)突破了期刊评价中学科体系构建、评价指标选择等瓶颈问题,能够更为全面地揭示学术期刊的影响力,为科研评价“去四唯”提供解决思路。相关研究成果经过国际同行的认可,已经发表在科学计量学领域国际重要期刊。

《2019年中国科学院文献情报中心期刊分区表升级版(试行)》首次将社会科学引文数据库(SSCI)期刊纳入到分区评估中。升级版分区表(试行)设置了包括自然科学和社会科学在内的18个大类学科。基础版和升级版(试行)将过渡共存三年时间,推测在此期间各大高校和科研院所仍可能会以基础版为考核参考标准。 提示:中科院分区官方微信公众号“fenqubiao”仅提供基础版数据查询,暂无升级版数据,请注意区分。

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